Lorsque Ethan Burke se réveille, il ne sait plus qui il est ni où il se trouve. Puis les souvenirs lui reviennent peu à peu : agent des services secrets américains, il est venu dans la petite ville de Wayward Pines, au fin fond de l'Idaho, pour enquêter sur la disparition de deux collègues. Mais, en arrivant, il a eu un accident de voiture. Ses blessures sont superficielles, alors pourquoi ne veut-on pas le laisser sortir de l'hôpital ? Pourquoi le shérif, franchement hostile, refuse-t-il de lui rendre son portefeuille et ses affaires ?
Nichée au coeur d'un paysage de carte postale, la petite ville de Wayward Pines, Idaho, apparaît comme un nouvel éden - si l'on fait abstraction de la clôture électrique et des tireurs embusqués qui en interdisent l'accès, ainsi que de la surveillance implacable que les autorités exercent sur les résidents. Aucun d'eux ne sait comment il est arrivé là. On leur dit où travailler, comment vivre, avec qui se marier. Tous rêvent secrètement de s'évader, mais ceux qui osent le faire sont confrontés à une terrifiante surprise.
Arrivé à Wayward Pines, dans l'Idaho, depuis trois semaines, Ethan Burke constate les moeurs étranges des habitants, qui vouent un culte à David Pilcher, le fondateur de cette ville cernée par une immense clôture électrifiée empêchant toute sortie. Bientôt, il découvre la menace qui rôde au-delà de cette enceinte, sur le point de submerger la cité, voire l'humanité. Fin de la trilogie.